El Congreso Institucional es un órgano deliberativo cuyo propósito es realizar un proceso de intensa discusión, reflexión y análisis sobre asuntos de carácter trascendental para el quehacer académico e institucional, realizado con el fin de propiciar que el Instituto se coloque a la vanguardia del conocimiento científico, técnico y tecnológico. (Definido así en el artículo 88 del Estatuto Orgánico).

La Asamblea Institucional Representativa fiscalizará anualmente el avance y los logros de los acuerdos del Congreso Institucional y llamará a rendir cuentas cuando los resultados no se ajusten a lo programado, siguiendo los mecanismos establecidos al efecto. (Definido en el artículo 92 bis del Estatuto Orgánico)