En este eje, se tienen como líneas de investigación las siguientes:

Valor agregado a la producción agropecuaria

El TEC trabaja en forma coordinada con el Ministerio de Agricultura y Ganadería para apoyar la producción agropecuaria sostenible, el desarrollo productos saludables con mayor valor agregado y la seguridad alimentaria.
 
En el TEC se realiza investigación para obtener variedades vegetales mejoradas y minimizar impactos ambientales de la actividad agrícola y pecuaria. Se apoya a los productores  por medio de investigación sobre el control biológico de plagas y enfermedades, manejo de cosecha y post-cosecha, conservación de suelos y recursos hídricos en cultivos de papa, yuca, mora, higo, chayote y tomate, entre otros.

A la vez, con ayuda del TEC, los productores costarricenses han mejorado el rendimiento económico de las cosechas gracias a la diversificación de su oferta de productos, así como la adopción de productos de mayor valor agregado. También se apoya a los productores en materia de encadenamiento productivo, nuevos canales de comercialización y negociaciones con clientes actuales y potenciales. La diversificación de la oferta de productos ha sido una alternativa útil para reducir la saturación del mercado de consumo fresco y lograr una mayor comercialización de productos elaborados a partir de la fruta fresca. En algunos casos se ha partido de cultivos caseros que, con apoyo del TEC, se cultivan en parcelas y se adoptan como nuevas opciones productivas, posicionando en el mercado productos no tradicionales. Otros productos no tradicionales desarrollados por el TEC son biofertilizantes y alimento para animales a partir de microalgas. El cultivo de microalgas se genera de desechos agroindustriales, lo que permite reducir los desechos y lograr un menor costo de producción.

Producción agropecuaria sostenible

En el TEC se han desarrollado y transferido técnicas biotecnológicas para mejorar la productividad y calidad, permitiendo a los agricultores incursionar en mercados más exigentes. Se desarrollan bancos de semillas y se introducen nuevas variedades del exterior para ampliar la base genética disponible en el país, se facilita semilla de alta calidad a los productores. También se capacita a grupos de agricultores en técnicas como cultivo de tejidos vegetales y producción de semilla.  

El TEC da especial atención a la producción agropecuaria sostenible en comunidades indígenas, como una forma para mejorar la condición socioeconómica para sus habitantes, brindar oportunidades de capacitación y empleo en la comunidad, así como  alternativas de
desarrollo y transferencia de resultados a comunidades aledañas.

Seguridad alimentaria

En el campo pecuario se trabaja con los productores para identificar deficiencias en el manejo de las fincas y la distribución y composición de los hatos, así como para capacitarlos en prácticas agropecuarias sostenibles. Por otra parte, el TEC asesora a los productores en el proceso de la castración y pseudocastración con elastrador en ganado cebú comercial, con la finalidad de atender las exigencias de calidad tanto del comerciante como del consumidor, ofreciendo al ganadero una mayor facilidad en el manejo de los animales y un retorno de capital más rápido. También se realizan identificaciones de genes relacionados con la

terneza de la carne en toros brahman de registro, con DEP (diferencia esperada de progenie) positivo, de forma que se promueva el uso de marcadores moleculares para dar mayor valor agregado a los animales.

En las zonas costeras se capacita a los pescadores y ostreros en prácticas de pesca responsable y modelos de calidad para dar rastreabilidad del producto desde su captura en el mar hasta su venta al público. También se apoyan las investigaciones nacionales en el mejoramiento genético en la piscicultura.