La autonomía universitaria es una garantía otorgada por la Constitución Política de Costa Rica a las universidades públicas, que les garantiza independencia para darse su propia estructura, reglamentar sus actividades, elegir a sus autoridades, auto administrarse y ejecutar su presupuesto, sin injerencias del gobierno central o de cualesquiera otros sectores de la sociedad.
En sesión Ordinaria AIR-69-2008, celebrada el 30 de septiembre de 2008, la Asamblea Institucional Representativa acordó conformar una Comisión Permanente de Defensa de la Autonomía Universitaria y Autogobierno, que lidere y coordine las acciones de tutela de la autonomía universitaria, evitando que los miembros de la comunidad institucional o los órganos institucionales expongan este principio fundamental de las universidades públicas, al realizar consultas vinculantes a órganos externos, sobre asuntos que deben ser atendidos y resueltos por los órganos institucionales competentes.
Dicha comisión está conformada por:
- Dos representantes del sector académico, uno de ellos del Campus Tecnológico Central y un representante de campus tecnológicos locales o centros académicos.
- Un representante del Consejo Institucional, preferiblemente de la Comisión Interuniversitaria de Autonomía.
- Un representante del sector administrativo.
- Un representante del sector estudiantil.
- Un representante del Directorio de la A.I.R. quien coordinará la comisión
La composición actual de la Comisión es:
| Nombre | Rol | Correo |
| Lcda. Jenny Zúñiga Valverde | Representante del Directorio de la AIR | autonomiatec@tec.ac.cr |
| Dr. Luis Gerardo Meza Cascante | Representante docente del Campus Tecnológico Central | |
| MSc. Shi Alarcón Zamora | Representante docente de Campus Tecnológicos Locales o Centros Académicos | |
| M.A.E. Andrea González Quirós | Representante del sector administrativo | |
| Sebastián Vallecillo Camacho | Representante estudiantil | |
| M.Sc. Laura Hernández Alpizar | Representante del Consejo Institucional |