La Rectoría del Tecnológico de Costa Rica es presidida por el rector, quien es el funcionario de más alta jerarquía ejecutiva y permanece en su cargo por un período de cuatro años. El rector dirige y coordina la gestión universitaria en todas sus dimensiones organizacionales y ámbitos de actuación.

Para el cumplimiento de sus funciones, el rector se acompaña del Consejo de Rectoría, integrado por los vicerrectores que son sus colaboradores inmediatos, junto a los directores de sede y de centros académicos.