Identificación biocomputacional de mecanismos de compensación de dosis génica

Este trabajo tiene como objetivo identificar los factores que son responsables por el mecanismo de compensación de dosis génica en cáncer aneuploide. Para lograr esto proponemos el desarrollo de una nueva plataforma computacional-experimental para modelar las redes de proteínas y ARNs responsables de éste mecanismo. Nuestros hallazgos preliminares utilizando un set de datos reducido sugieren que existen alrededor de 50 genes regulados y que este mecanismo puede ser mediado por una red de miRNAs y factores de transcripción con propiedades de sistemas no lineales, lo que ya ha sido reportado como circuito de adaptación a cambios en dosis génica (Bleris et al, 2011).

Además, exploraremos las propiedades de interacción de estos genes con lncRNAs (ARNs no codificantes de cadena larga), los cuales han sido reportados ampliamente en fenómenos de compensación de dosis génica (Rinn & Chang, 2012). Proponemos entonces el desarrollo de una plataforma biocomputacional para identificar mecanismos de compensación de dosis génica: i) integrando múltiples fuentes de datos de cáncer, ii) desarrollar programas de computación orientados a la identificación de factores que median este mecanismo y iii) modelar matemáticamente y simular estos sistemas para identificar blancos óptimos contra el cáncer. Los candidatos identificados por esta plataforma serán probados de manera experimental utilizando inhibidores de miRNAs (anti-miRs) para confirmar su potencial utilización como terapias contra cáncer.

Entidad financiadora:

Consejo Nacional de Rectores de Costa Rica (CONARE). Convocatoria 2017 de Proyectos de Investigación con Recursos del Fondo del Sistema (FEES)

Entidades participantes:

• Laboratorio LIANA (TEC)

• Laboratorio Quimiosensibilidad Tumoral (UCR)

• Laboratorio de Investigación e Innovación Tecnológica (UNED)